Lipopolysakkaridineutraali liuos voidaan säilyttää huoneenlämmössä useita kuukausia, eikä sen biologinen aktiivisuus muutu merkittävästi. Jos sitä säilytetään 4 ℃:ssa tai matalan lämpötilan jääkaapissa, sen biologinen aktiivisuus voi pysyä muuttumattomana useista vuosista vuosikymmeniin. Kuiva lipopolysakkaridineutraali jauhe voidaan säilyttää huoneenlämmössä tai jääkaapissa vuosikymmeniä tai pidempään menettämättä biologista aktiivisuuttaan.

Kun lipopolysakkaridi laitetaan happamaan liuokseen huoneenlämpötilassa, sen molekyylit hajoavat osittain. Tämä muutos sisältää pääasiassa polysakkaridin ja lipidi A:n välisten glykosidisidosten katkeamisen ja lipidi A1-glukosidisidosten katkeamisen. Kuumennus voi edistää tätä reaktiota. Vahva happoliuos voi tuhota lipopolysakkaridin kokonaan kuumennusolosuhteissa.

Alkalisilla tekijöillä on suuri vaikutus lipopolysakkaridimolekyyleihin, pääasiassa lipidi A -molekyyleihin. Tällä hetkellä lipidi A-rungon 4-fosfaattiesterisidos ja 3- ja 3-asemissa oleva rasvahappoesterisidos tuhoutuvat helposti, mikä voi aiheuttaa molekyylin halkeamisen. Tänä aikana hajotetut molekyylit menettävät tyypillisen endotoksiiniaktiivisuutensa. Lipopolysakkaridit voivat tuhoutua täysin vahvoissa emäksissä.